Embora seu estatuto tenha sido registrado em 1940, apenas três anos mais tarde, em 19 de novembro de 1943, o abrigo recebeu o seu primeiro educando. Em 8 de setembro de 1944, a entidade foi transformada em fundação, e passou a denominar-se Fundação Educandário Cel. Quito Junqueira.
Até 1997, os educandos – crianças provindas de famílias de baixa renda do sexo masculino – eram admitidos com faixa etária entre 6 e 9 anos de idade e podiam permanecer na instituição em regime de internato até atingirem sua maioridade. Todos os educandos cursavam da 1ª a 4ª séries na própria instituição e, a partir daí, frequentavam as escolas públicas estaduais.
A partir de 1998, com o advento do Estatuto da Criança e do Adolescente (Lei 8069/90), iniciaram-se mudanças importantes na Fundação. Além do encerramento do regime de internato, o Educandário, como tornara-se conhecido,
passou a atender crianças de ambos os sexos em regime aberto. Na época, o Colégio Camillo de Mattos, que era estadual, passou a ser mantido e administrado pela Fundação Educandário e não mais pelo Governo do Estado, atendendo da Pré-Escola à 4ª série.
Em 2007, os serviços oferecidos foram reorganizados em três programas de atendimento: Programa de Educação Básica, Programa de Atividades Complementares e Programa de Iniciação Profissional. Neste mesmo ano foi inaugurada, dentro do complexo, a Biblioteca Dr. Waldemar Barnsley Pessoa.
Ao longo de sua história, a Fundação Educandário estabeleceu boas parcerias, como é o caso do SENAI, que desde 1988 é parceiro nos cursos de Iniciação Profissional. Os cursos são ministrados pelos próprios instrutores do Educandário, que são capacitados para aplicarem a metodologia do SENAI, que por sua vez certifica os cursos.
Entre 2006 e 2009, em parceria com o Instituto C&A, foi realizada uma série de treinamentos de fomento a práticas de leitura, dinamizando o trabalho na biblioteca. Nessa mesma linha, em 2008, a Fundação Educandário recebeu o projeto História da Gente, realizado pela Fundação Palavra Mágica.
Outra parceria estabelecida, em 2006, foi com a Escola de Idiomas CNA (Unidade de Ribeirão Preto) que passou a oferecer curso de inglês. Desde então, as aulas são ministradas por professores do CNA, apoiados por materiais didáticos exclusivos, revistas, jogos, dentre outros materiais pedagógicos, seguindo a metodologia aplicada nas unidades daquela escola.
A partir de 2008, e existente até os dias de hoje, institui-se, no mês de novembro, concomitantemente à comemoração do Dia do Educando, o Dia da Família, com o objetivo de promover a integração entre os usuários dos programas, seus familiares, funcionários do Educandário e a comunidade.
A Fundação Educandário estabelece parcerias com universidades com o objetivo de aprimoramento técnico, desenvolvimento de pesquisas e aproximação da instituição ao mundo acadêmico.